Posted in Biologi

#17: The Crispy CRISPR

Welcome to the laboratory course of Group of Development and Growth Regulation! Well, ini adalah lab ke-17 kami dengan durasi hanya 2 hari. Di lab course ini kami diberikan lectures dari empat sensei: Yoshioka sensei, Shin Sugiyama sensei, Yagi sensei, dan Kanamori sensei. Lecture-nya menyangkut penelitian para sensei tersebut.

Secara singkat, penelitian ke-empat sensei tersebut adalah sebagai berikut:

  • Yoshioka sensei: Peran plastida dalam regulasi siklus sel. Dalam penelitiannya, beliau menggunakan beberapa tumbuhan model seperti Arabidopsis thaliana  dan lumut.
  • Sugiyama sensei: objek penelitian beliau adalah sperma pada Drosophila. Sebenarnya bukan spermanya, tetapi lebih pada mitokondria pada sperma si Drosophila. Memangnya apa sih yang seru dari situ? FYI, sperma Drosophila (tapi saya nggak tahu species yang mana) mempunyai panjang up to 2 mm. Lebih panjang dari sperma manusia (4 kali lebih pendek) dan tentu saja lebih panjang dari tubuh lalat itu sendiri, Masya Allah! Di dalam ekor sperma Drosophila, teradapat sepasang mitokondria yang panjangnya juga sepanjang ekor sperma tersebut. Intinya, Sugiyama sensei tertarik untuk mengetahui lebih dalam morfogenesis (proses pembentukan) dan pertumbuhan si mitokondria raksasa.
  • Yagi sensei: Yagi sensei memiliki beberapa penelitian yang tentu saja masih berhubungan dengan growth and development. Beliau menggunakan Drosphila dan ulat sutera sebagai organisme model yang utama dalam penelitiannya. Karena judul penelitiannya susah-susah, saya jadi tidak terlalu ingat hehe. Yang saya ingat, beliau memiliki beberapa kerjasama dengan peneliti-peneliti dari institusi lain, termasuk dari RIKEN CDB.
  • Kanamori sensei: Beliau suka ikan, maka dari itu beliau menggunakan beberapa jenisikan sebagai organisme modelnya (ini saya nggk bohong loh). Fokus penelitian beliau adalah gonadal sex differentiation pada medaka (salah satu jenis ikan air tawar) dan K. marmoratus. Ikan yang saya sebutkan terakhir termasuk ikan yang unik, karena sebagian individu pada jenis ini adalah hermaprodit (memiliki alat kelamin ganda) dan mereka adalah self-fertilizing fish. Faktanya, sejauh yang Kanamori sensei tahu, belum pernah ada cerita ada K. marmoratus hermaprodit yang kawin dengan sesamanya alias ya sudah, anak-anakan dari kan tersebut keluar dari satu individu saja.

Agenda kedua di lab ini adalah membaca sebuah research paper dan mempresentasikannya. Topik yang ditugaskan kepada kami kali ini adalah CRISPR yang merupakan singkatan dari Clustered regularly interspaced short palindromic repeats. Pusing baca kepanjangannya? Aku juga 🙂 Aku pertama kali mendengar istilah ini dari Hibi sensei di lab beliau (lab #1). Beliau sebenarnya juga pernah menjelaskan sih, tapi tetap saja nampak rumit buat kami. Kedua kalinya mendengar istilah tersebut ketika kami diberikan tugas membaca paper tentang CRISPR pekan lalu.

Apa sih sebenarnya CRISPR ini?

CRISPR pada awalnya ditemukan pada bakteria dan archaea sebagai bagian dari acquired immunity system (sistem imun yang diperoleh), jadi bukan sesuatu yang bawaan. Pada manusia, contoh dari acquired immunity adalah ketika tubuh kita terpapar pada suatu patogen kemudian sistem imun kita membangun ketahanan terhadap patogen tersebut, sehingga ketika suatu saat terpapar lagi, kita sudah memiliki kekebalan tubuh yang lebih kuat. Nah, pada bakteria, penemuan ini bisa dibilang mencengangkan. Karena hingga CRISPR ditemukan, para peneliti tidak pernah mengira kalau bakteri memiliki acquired immunity.

Sistem ini bekerja pada bakteria dengan cara mengambil genom virus yang menyerang untuk pertama kali dan menyimpannya dalam genom bakteria sebagai data. Suatu saat ketika virus yang sama menyerangnya kembali, si bakteria sudah dengan siap dengan CRISPR-nya yang akan menghancurkan genom si virus. CRISPR memiliki beberapa tipe, salah satu tipenya telah dikembangkan menjadi sebuah teknik untuk memotong DNA pada sekuens (bagian) tertentu. Sebenarnya pengen banget menjelaskan sistem ini  lebih detail, tapi sepertinya next time insyaa Allah. Masih dikejar banyak targeeet sebelum kepergian ke luar pulau nanti tanggal 29, insyaa Allah.

Nah, bagi yang ingin tahu lebih dalam, bisa coba cari di Google dengan kata kunci “CRISPR/Cas9 atau CRISPR saja. Di bawah ini juga ada video yang menjelaskan dengan cukup baik 🙂

Ada yang ingin coba baca papernya?

Paper utamanya (dan yang ditugaskan pada kelompok ku) berjudul “A Programmable Dual-RNA-Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity

Paper kedua, berupa review dan sedikit lebih mudah dimengerti – walaupun tetap susah bagi kami – berjudul “Development and Applications of CRISPR-Cas9 for Genome Engineering

Paper ketiga, sepertinya tentang penemuan CRISPR pada bakteria dan archaea, berjudul “CRISPR/Cas, the Immune System of Bacteria and Archaea

Ngomong-ngomong, kami tadi sudah selesai presentasi and we were so screwed. Alhamdulillah ‘ala kulli haal

Info lebih lanjut tentang Group of Development ad Growth Regulation Nagoya University bisa dilihat di sini

Advertisements

Author:

Pembelajar, ingin menjadi ibu plus guru keren di masa depan. Bercita-cita punya perpustakaan sendiri di mana anak-anak bisa belajar dan mendengarkan cerita seminggu sekali.

Kindly share your thoughts here

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s